化学基因组学作为后基因组学时代的新技术，是基因组学与药物发现之间的桥梁和纽带，将成为功能基因组学研究的有力工具。 化学基因组学技术整合了组合化学、基因组学、蛋白质组学、分子生物学、药物学等领域的相关技术，采用具有生物活性的化学小分子配体作为探针， 研究与人类疾病密切相关的基因、蛋白质的生物功能，同时为新药开发提供具有高亲和性的药物先导化合物， 是后基因组学时代药物发现新模式，将极大加快制药业的发展。化学基因组学药物发现模式一般程序包括靶点发现、高通量筛选、组合化学合成、生物学功能测试等。
 

        化学基因组学在人们特别关注的抗癌药物的研发中发挥着越来越重要的作用，不仅缩短了临床前的研究周期，而且降低了药物研究的风险。 在癌症化疗中对抗肿瘤药物的抵制作用是影响癌症治疗的关键因素，而通过化学基因组学技术则可以找出导致抗药性的基因或蛋白，为开发抗癌药物提供药物作用靶点。